Проаналізовано теоретико-методичні підходи формування системи екологічного управління в Україні. Досліджено особливості програмно-цільового підходу як ефективного методу екологічного управління. Визначено принципи та напрями удосконалення територіальної системи управління природокористуванням. Запропоновано економічний механізм перерозподілу фінансових коштів між підприємствами за допомогою використання екооблігацій та векселів за екологічні послуги, що дозволяє спрямовувати кошти на проведення природоохоронних заходів з максимальною ефективністю. Розглянуто науково-методичні підходи створення екологічного трасту з метою узгодження інтересів суб'єктів екологічного управління різних ієрархічних рівнів.